微生物多樣性測序分析
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微生物多樣性測序
微生物多樣性測序是對環境樣品中細菌（16S rDNA）、真菌（18S/ITS）、功能基因等基因的DNA進行特定長度的PCR擴增并對擴增產物進行測序的分析，可實現對環境樣品中的優勢物種、稀有物種和一些未知物種進行檢測，精準解析微生物在種屬水平上的組成和豐度情況，是當前研究環境微生物多樣性及群落組成差異的重要技術手段。
細菌微生物多樣性
16S rDNA測序：16S rDNA具有10個保守區和9個高變區。保守區反映生物物種間的親緣關系，高變區反映物種間的差異。對16S rDNA某個高變區進行測序，用于研究環境微生物中的群落結構多樣性。
16S rDNA序列及常用擴增引物序列
真菌微生物多樣性
18S rDNA測序：18S rDNA也包含可變區和保守區。對18S rDNA某個高變區進行測序，用于研究環境樣本中真核微生物群落結構多樣性。
ITS1測序：ITS分為兩個區域：ITS1和ITS2。ITS區域進化速率是18S rDNA的10倍之多。對ITS1和ITS2進行測序，用于研究環境樣本中真核微生物群落結構多樣性。
ITS rDNA序列及常用擴增引物序列
功能基因多樣性
功能微生物是在自然界中由于其功能的重要性而受到廣泛關注的一類微生物，如硝化細菌、反硝化細菌、氨氧化細菌、硫酸鹽還原菌、固氮菌等，使這些功能細菌發揮這種特定功能的基因就稱為功能基因，如AOA、AOB、nifH等。
功能基因測序，是根據復雜環境中具有特殊功能的微生物基因序列設計引物，用該引物進行PCR擴增，建庫后進行高通量測序。功能基因測序可有效研究特定環境中的功能微生物物種信息，包括：功能微生物功能差異、分類和豐度等，并與每個采樣點的環境因子相結合，可以同時分析環境因子與功能細菌群落結構的關系，因此對復雜環境中的微生物構成研究有重要的指導作用。
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